Zweck der Stiftung ist es, wissenschaftliche Untersuchungen von internationalem Stellenwert zu ermöglichen, die in grosser Höhe (3’000-3’700 Meter über Meer) oder in hochalpiner Umgebung ausgeführt werden müssen. Dazu werden auf Jungfraujoch die Forschungsstation, das Sphinx-Observatorium sowie Laborraum in der ehemaligen Swisscom Relaisstation am Jungfrau Ostgrat und auf dem Gornergrat die beiden astronomischen Observatorien Gornergrat Süd und Gornergrat Nord unterhalten. Die Stiftung stellt Forschern aus der ganzen Welt die notwendige Infrastruktur für wissenschaftliche Untersuchungen zur Verfügung. Selbst betreibt die Stiftung keine Forschung.
Wissenschafter von Universitäten, technischen Hochschulen und Forschungsinstituten der Mitgliedländer, und bei Nachfrage auch von anderen Staaten, können in den von der Stiftung zur Verfügung gestellten Infrastrukturen nach dem Gästeprinzip Forschungsprojekte ausführen. Administrative Hilfe und Informationen werden von der Stiftungsverwaltung in Bern, welche in die Universität Bern integriert ist, bereitgestellt.
Historische Tafel beim Eingang zu den Labors in der Sphinx auf Jungfraujoch.